期刊論文

1. Chih-Yuan Wang、Leellen F. Solter、Wen-HueiTsui、Chung-Hsiung Wang，「An Endoreticulatus species from Ocinaralida (Lepidoptera: Bombycidae) in Taiwan」，Journal of Invertebrate Pathology89卷，期(2005-05-01)：123-135(SCI)
2. Pei-Wen Lin、Yi-Jen Huang、 Joseph Abraham Chri、Ya-Nan Chang、Chung-Hsiang Yuan、Wen-Ya Chen、Chiao-HwaYeh、San-Tai Shen、Fu-Pang Lin、崔文慧，「Iridovirus Bcl-2 protein inhibits apoptosis in the early stage of viral infection」，Apoptosis13卷，期(2008-02-01)：165-176(SCI)
3. Hui-Chung Wu、Chien-Chang Yen、崔文慧、Han-Min Chen，「A red line not to cross: Evaluating the limitation and properness of gel image」，Analytical Biochemistry396卷，期(2010-01-01)：42~50(SCI)
4. 簡志豪、崔文慧、梁耀仁，「Troglitazone抑制高度糖化終產物在人類胚胎腎臟細胞所引起的反應」，輔仁學誌-理工類卷，43期(2009-12-01)：1~16(SCI)
5. Chieh-Chen Huang、Bo-Yang Hsu、Nan-Lin Wu、崔文慧、Tzu-Ju Lin、Ching-Chieh Su、洪啟峰，「Anti-Photoaging Effects of Soy Isoflavone Extract (Aglycone and Acetylglucoside Form) from Soybean Cake」，International Journal of Molecular Science12卷，期(2010-11-01)：4782-4795(SCI)
6. 陳朝鎰、崔文慧、梁耀仁，「過氧化體增生活化接受器 與致效劑減少C-反應蛋白接受器在H9c2心肌原細胞的表現」，輔仁學誌-理工類卷，45期(2012-05-01)：109-122(SCI)

會議論文

1. Angela Yung Chi Hou、Wen Huey Tsui、Karen Hui-Jung Chen，「Development of Self accrediting System in Taiwan and Its Impact on higher education institutions- A Case Study of Fu Jen Catholic University」，2015 APHERP，杭州，中國，APHERP，2015-05-25

專書

1. 鍾楊聰、徐邦達、林良恭、崔文慧、林俊銘、劉世華、李松泰、楊程堯，生物學 ---探索生命(：美商麥格羅.希爾國際股份有限公司和偉明圖書公司，2004-08-01)
2. 鍾楊聰、葉開溫、崔文慧、徐歷鵬，生物學第六版(偉明圖書有限公司：台灣培生教育出版有限公司，2005-08-01)
3. 李家維、徐歷鵬、崔文慧、張立雪、黃壁祈、葉開溫、鍾楊聰，生物學(第四版)(台灣：偉明圖書有限公司及艾迪生維思理朗文出版股份有限公司，1999-07-01)
4. 王淑美、林良恭、徐邦達、徐歷鵬、崔文慧、陳東瑤、廖玉晚、蕭淑娟，生物學: 過去,現在與未來(：偉明圖書有限公司，2010-06-01)
5. 方中權、王韻秋、丘至威、宋允鵬、李振興、李鈞械、李豐楙、吳賴雲、林正弘、崔文慧，學典(台灣：三民書局，1991-05-01)
6. 崔文慧、鍾楊聰、徐邦達、林良恭、劉世華，生物學-探索生命 (台灣：美商麥格羅.希爾國際股份有限公司和偉明圖書公司，2011-01-01)
7. 鍾楊聰、葉開溫、崔文慧、徐歷鵬，生物學第八版(：2011-10-01)