期刊論文

1. 侯藹玲、劉清，「以DNA序列估算演化差距」，中華農學會報153卷，期(1991-03-01)：34-50(其他)
2. 侯藹玲、劉清，「以DNA序列估算演化差距(二)不同估算方法之模擬比較」，中華農藝1卷，期(1991-07-01)：309-325(其他)
3. 王東海、侯藹玲、許孫源、羅傳成，「甘蔗育種資料庫之管理與運用」，台灣糖業研究所研究彙報137卷，期(1992-09-01)：1-13(其他)
4. Lo, C. C. 、Ai-Ling Hour，「Re-evaluation of sugarcane germplasm collections with respect to early maturity.」，Proc. ISSCT21卷，期(1992-03-01)：380-387(其他)
5. Hsu, S. Y. 、Ai-Ling Hour、T. H. Wang，「Heritability and modes of Inheritance of Brix in sugarcane seedling」，Proc. ISSCT22卷，期(1995-03-01)：286-292(其他)
6. Hsu, S. Y. 、Ai-Ling Hour、T. H. Wang，「Strategy of early selection for Brix in original seedlings of sugarcane」，Taiwan Sugar48卷，期(2001-12-01)：14-30(其他)
7. 侯藹玲、林俊隆、張正賢、陳立信、鄔宏潘，「台灣農牧業溫室氣體釋放量之估計」，中華農學會報1卷，4期(2000-08-01)：411-426()
8. 侯藹玲、江志民、謝邦昌，「台灣地區農業物價指數之研究」，中華農學會報4卷，4期(2003-08-01)：305-315(其他)
9. IRGSP，「The map-based sequence of the rice genome」，Nature436卷，期(2005-08-01)：793-800(SCI)
10. Chao, Y. T.、C.S. Chen、H. H. Chen、T. Y. Chow、M. K. Chu、M. C. Chung、A. L. Hour、Y. I. C. Hsing、H. F. Lee、P. F. Lee，「Completing the decoding of rice chromosome 5」，J. Genet. Mol. Biol.16卷，期(2005-12-01)：198-210(其他)
11. Su, C. L、C. I. Chung、Y. C. Lin、P. C. Lu、F. J. Wei、Y. I. C. Hsing、A. L. Hour，「Statistical analysis of rice SAGE data.」，J. Genet. Mol. Biol.16卷，期(2005-12-01)：248-260(其他)
12. Hsing, Y. I., C、et. al.，「A rice gene activation/knockout mutant resource for high throughput functional genomics.」，Plant Mol. Biol.63卷，期(2007-02-01)：351-364(SCI)

13. Hour, Ai-Ling、Y. C. Lin、W. F. Lu、T.Y. Chou、P. F. Li、Y. I. C. Hsing，「Detection of SNPs between Tainung 67 and Nipponbare rice cultivars.」，Botanical Studies48卷，3期(2007-07-01)：243-253(SCI)
14. Chern, C. G.、M.-J. Fan、S.-M. Yu、A. L. Hour、P. C. Lu、Y. C. Lin、F. J. Wei、S. C. Huang、S. Chen、M. H. Lai，「A rice phenomics study--Phenotype scoring and seed propagation of a T-DNA insertion-induced rice mutant population.」，Plant Molecular Biology65卷，期(2007-11-01)：427-438(SCI)
15. 林彥蓉、吳永培、魏甫錦、盧柏昌、黃元辰、張健興、侯藹玲、郭素真、謝兆樞、邢禹依，「架構「臺灣水稻遺傳標幟之研究資源」網站」，作物、環境與生物資訊5卷，期(2008-03-01)：1-21(其他)
16. Hong , Ya-Fang、Chang-Yeu Liu、Kuo-Joan Cheng、Ai-Ling Hour、Min-Tsair Chan、Tung-Hai Tseng、Kai-Yi Chen、Jei-Fu Shaw、Su-May Yu，「The sweet potato sporamin promoter confers high-level phytase expression and improves organic phosphorus acquisition and tuber yield of transgenic potato」，Plant Mol. Biol.7卷，67(4)期(2008-04-01)：347-361(SCI)

17. Chen L.C.、J. Y. Chen、A. L. Hour、C. Y. Shiau、C. F. Hui、J. L. Wu，「斑馬魚趨化素基因的分子選值及功能分析」，Comp Biochem Physiol Part B151卷，4期(2008-12-01)：400-409(SCI)

18. Ching-Yu Lin、Vinchi Wang、Hao-Ai Shui、Rong-Huay Juang、Ai-Ling Hour、Pei-Sing Chen、Hui-Ming Huang、Szu-Yu Wu、Jen-Chieh Lee、Tzung-Lin Tsai ，「A comprehensive evaluation of imidazole-zinc reverse stain for current proteomic researches.」， Proteomics9卷，3期(2009-02-01)：696-709(SCI)
19. 侯藹玲、沈柏志，「由資料採礦技術探討微陣列資料篩選乳癌相關基因」，數據分析4卷，3期(2009-06-01)：159-178(其他)
20. 侯藹玲、朱國豪、蘇志雄，「資料採礦應用於乳癌患者之遺傳基因與生活因素探討」，數據分析4卷，3期(2009-06-01)：131-158(其他)
21. 侯藹玲、許晏賓、江志民，「資料採礦技術應用於微陣列資料分析以篩選阿茲海默症候選基因之研究」，數據分析4卷，3期(2009-06-01)：179-213(其他)
22. Yong-Pei Wu、Pei-Yi Ko、Wei-Chia Lee、Fu-Jin Wei、Su-Chen Kuo、Sheng-Wei Ho、Ai-Ling Hour、Yue-Ie Hsing、Yann-Rong Lin，「Comparative analyses of linkage maps and segregation distortion of two F2 populations derived from japonica crossed with indica rice」，Hereditas147卷，5期(2010-10-01)：225-236(SCI)
23. Li-Te Chin、Pei-Ru Huang、Kuang-Yu Hu、Nai-Kuei Huang、Cheng-Di Chiu、Ai-Ling Hour、Hao-Ai Shui、Chi-Hong Chu、Han-Min Chen，「A Proteomics-Based Translational Approach Reveals an Antifolate Resistance Inherent in Human Plasma Derived from Blood Donation」，Journal of Proteome Research9卷，6期(2010-07-01)：3091-3102(SCI)
24. Tsai, Yen-Yin、Yi-Huei Huang、Ya-Li Chao、Kuang-Yu Hu、Li-Te Chin、Shiu-Huey Chou、Ai-Ling Hour、Yeong-DerYao、Chi-Shun Tu、Yao-Jen Liang，「Identification of the Nanogold Particle-Induced Endoplasmic Reticulum Stress by Omic Techniques and Systems Biology Analysis」，ACS Nano5卷，12期(2011-11-01)：9354-9369(SCI)
25. 康家睿、侯藹玲，「巴金森氏症之基因表現判別分析」，輔仁學誌44卷，期(2010-12-01)：85-108(其他)
26. Lin, Hung-Ying、Yong-Pei Wu、Ai-Ling Hour、Sheng-Wei Ho、Fu-Jin Wei、Yue-Ie C. Hsing、Yann-Rong Lin，「Genetic diversity of rice germplasm used in Taiwan breeding programs」，Botanical Studies53卷，期(2012-07-01)：363-376(SCI)
27. Peng, Kuan-Chieh、Shu-Hua Lee、Ai-Ling Hour、Chieh-Yu Pan、Lin-Han Lee、Jyh-Yih Chen，「Five Different Piscidins from Nile Tilapia, Oreochromis niloticus: Analysis of Their Expressions and Biological Functions.」，PLoS ONE.7卷，11期(2012-11-01)：e50263(SCI)
28. Lee, Shu-Hua 、Kuan-Chieh Peng、Lin-Han Lee、Chieh-Yu Pan、Ai-Ling Hour、Guor Mour Her、Cho-Fat Hui、Jyh-Yih Chen，「Characterization of tilapia (Oreochromis niloticus) viperin expression, and inhibition of bacterial growth and modulation of immune-related gene expression by electrotransfer of viperin DNA into zebrafish muscle」，Veterinary Immunology and Immunopathology卷，期(2012-12-01)：(SCI)
29. Yun-Long Tsai、Han-Ching Wang、Chu-Fang Lo、Kathy Tang-Nelson、Donald Lightner、Bor-Rung Ou、Ai-Ling Hour、Chuan-Fu Tsai、Cheng-Chi Yen、Hsiao-Fen Grace Chan，「Validation of a Commercial Insulated Isothermal PCR-based POCKIT Test for Rapid and Easy Detection of White Spot Syndrome Virus Infection in Litopenaeus vannamei」，PLOS ONE9卷，3期(2014-03-01)：e90545(SCI)
30. 侯藹玲，「Validation of a Commercial Insulated Isothermal PCRbased POCKIT Test for Rapid and Easy Detection of White Spot Syndrome Virus Infection in Litopenaeus vannamei」，PLOS ONE9卷，3期(2014-03-13)：e90545(SCI)

會議論文

1. Chow, T. Y.、Y. T. Chao、A. L. Hour、C. I Chung、H. P. Wu、C. S. Chen、J. F. Shaw、Y. I. C. Hsing，「Lipase genes are clustered in both rice and Arabidopsis genome.」，Plant & Animal Genome IX Conference，San Diego，USA，，2001-01-15
2. Hour, A. L.、C. L. Su、C. I. Chung、T. Y. Chow、H. M. Wu、C. H. Chen、W. L. Crosby、Y. I. C. Hsing，「Construction and analysis of five rice SAGE libraries.」，International Symposium on Plant Functional Genomics，台北，臺灣，中央研究院，2003-11-10
3. Hour, A. L、Y. C. Lin、F. J. Wei、P. C. Lu、T. Y. Chow、H. P. Wu、Y. I. C. Hsing，「Analysis of rice chromosome-5 telomere.」，Plant & Animal Genomes XIII Conference，San Diego，USA，，2005-01-15
4. Hour, A. L.、Y. C. Lin、W. F. Lu、T. Y. Chow、P. F. Li、Y. I. C. Hsing，「SNP Detected in EST of Tainung 67, an elite rice cultivar in Taiwan.」，Fifth International Rice Genetics Symposium & Third International Rice Functional Genomics Symposium，Manila，Philippines，IRRI，2005-11-20
5. Wu Y. P.、S. W. Ho、S. W. Ho、F. J. Wei、A. L. Hour、Y. I. Hsing、Y. R. Lin，「Segregation Distortion in Two F2 Populations of Inter-subspecific Crosses in Rice (Oryza sativa L.)」，The 2nd International Conference on Plant Molecular Breeding.，Hainan，China，，2007-03-23
6. 侯藹玲、張馨文、謝邦昌、朱國豪、沈柏志、許晏賓，「由微陣列資料探討阿茲海默症相關基因的表現關連性」，中國統計學社 97 年社員大會暨統計學術研討會，台北，臺灣，中國統計學社，2008-12-19
7. 蘇志雄、鄭宇庭、侯藹玲、朱國豪、謝邦昌，「資料採礦應用於乳癌患者之遺傳基因及生活因素探討」，第十八屆南區統計研討會，高雄，臺灣，國立中山大學應用數學系，2009-06-26
8. 蘇志雄、鄭宇庭、侯藹玲、許晏賓、謝邦昌，「資料採控技術應用於微陣列資料分析以篩選阿茲海默症候選基因之研究」，第十八屆南區統計研討會，高雄，臺灣，國立中山大學應用數學系，2009-06-26
9. 侯藹玲、鄭宇庭、蘇志雄、沈柏志、謝邦昌，「由資料才礦技術探討微陣列資料篩選乳癌相關基因」，第十八屆南區統計研討會，高雄，臺灣，國立中山大學應用數學系，2009-06-26
10. 秦浩剛、邢禹依、趙雅婷、侯藹玲，「兩品種水稻基因表現差異比較」，第六屆國際水稻遺傳研討會及第七屆國際水稻功能性基因體學研討會，馬尼拉，菲律賓，International Rice Research Institute，2009-11-16
11. 趙雅婷、王言凱、侯藹玲，「Computational analysis of candidate exonic splicing regulatory motifs in rice」，第六屆國際水稻遺傳研討會及第七屆國際水稻功能性基因體學研討會，馬尼拉，菲律賓，International Rice Research Institute，2009-11-16
12. 康家睿、侯藹玲，「巴金森氏症之基因表現判別分析」，第十九屆南區統計研討會，台南，臺灣，國立成功大學統計系，2010-07-06
13. 許淳淇、侯藹玲，「水稻第五條染色體中節重複序列分析」，第十九屆南區統計研討會，台南，臺灣，國立成功大學統計學系，2010-07-06
14. 林聖堯、侯藹玲，「以微陣列資料探討阿拉伯芥LEA基因關聯性」，第十九屆南區統計研討會，台南，臺灣，，2010-07-06
15. 秦浩剛、侯藹玲，「以微陣列資料探討水稻品種間基因表現差異」，第十九屆南區統計研討會，台南，臺灣，，2010-07-06
16. 侯藹玲、沈柏志、李揚、馬雙格、謝邦昌，「以微陣列資料探勘乳癌感病基因」，第一屆生物統計國際研討會，北京，中國，中國人民大學，2010-07-15
17. 沈柏志、郭筱彤、魏甫錦、蔡元卿、邢禹依、賴明信、侯藹玲，「山地陸稻種源田間性狀關聯分析」，台灣農藝學會100年度年會，屏東，臺灣，台灣農藝學會，2011-04-28
18. 張嘉慶、魏甫錦、吳正杰、邢禹依、侯藹玲，「水稻MPSS資料統計分析」，台灣農藝學會100年度年會，屏東，臺灣，台灣農藝學會，2011-04-28
19. 簡正育、魏甫錦、吳正杰、邢禹依、侯藹玲，「以微陣列資料推估台灣兩水稻品種間的Single Feature Polymorphisms」，台灣農藝學會100年度年會，屏東，臺灣，台灣農藝學會，2011-04-28
20. Chen-Han Cheuh、Xiao-Tong Guo、Fu-Jin Wei、Yuan-Ching Tsai、Cheng-Chieh Wu、Ming-Hsin Lai、Yue-ie Hsing、Ai-Ling Hour，「Traits Analysis of Rice Landraces Collected from Taiwan Aboriginal Villages」，International Symposium of Rice Functional Genomics 9，台北，臺灣，中央研究院，2011-11-07
21. Cheng-Yu Chien、Fu-Jin Wei、Cheng-Chieh Wu、Yue-ie Hsing、Ai-Ling Hour，「Discovery of Single Feature Polymorphisms (SFP) between Two Rice Cultivars of Taiwan Using the Rice Genome Array」，International Symposium of Rice Functional Genomics 9，台北，臺灣，中央研究院，2011-11-07
22. Yuan-ching Tsai、Yi-fang Chen、Ming-hsing Lai、Ai-ling Hour、Yu-chi Chen、Yu-chien Tseng、Jaw-shu Hsieh、Yue-ie Hsing，「SEQUENCING ANALYSIS OF DOMESTICATION-RELATED RICE GENES FROM LANDRACES COLLECTED IN TAIWAN ABORIGINAL VILLAGES」，9th International Symposium of Rice Functional Genomics，台北，臺灣，中央研究院，2011-11-07
23. Hour , Ai-Ling、Fu-Jin Wei、Yue-Ie Hsing，「Phylogenetic Inference from whole-genome sequence of Taiwan rice cultivars and landraces.」，10th International Symposium of Rice Functional Genomics (ISRFG 10).，清邁，泰國，ISRFG 10，2012-11-26
24. Hour , Ai-Ling、Fu-Jin Wei、Yue-Ie Hsing，「Preliminary Studies on the Correlation between Variant Detection and Depth of Genomic DNA NGS Data.」，The 23rd International Conference on Genome Informatics.，台南，臺灣，成功大學，2012-12-12
25. Ben-Chang Shia、Ai-Ling Hour、Cha-Yi Chen、Yi-Fang Chi、Yi-Hua Tsai，「A Study of Applying Data Mining Technology on Hereditary Genes」，Joint Conference of the 5th AISECT and the 4th EARBC，北京，中國，，2013-07-05
26. 侯藹玲、朱子豪、魏甫錦，「Genetics distance bias on domesticated gene region among rice accessions collected in Taiwan」，2014 第九屆海峽兩岸機率與統計學術研討會，台中，台灣，逢甲大學統計學系、國立中興大學統計學研究所、中華機率統計學會，2014-05-16
27. 侯藹玲，「Depth of Genomic NGS Data and Variant Detection」，中國統計學社102 年社員大會暨統計學術研討會，台北，台灣，輔仁大學統計資訊系、教育部、中央研究院統計科學研究所 、行政院主計處、中國主計協進社、中國統計學社，2013-11-29
28. 侯藹玲，「Genetics distance bias on domesticated gene region among rice accessions collected in Taiwan」，11th ISRFG，New Delhi，India，，2013-11-20

會議論文

1. 簡正育，2011，「Discovery of Single Feature Polymorphisms (SFP) between Two Rice Cultivars of Taiwan Using the Rice Genome Array」，International Symposium of Rice Functional Genomics 9(Academia Sinica, Taipei/November 07. 2011)

指導碩博士論文

1. 侯藹玲，陳祥峻，碩士，98，「水稻第五條染色體長臂端粒重複序列分析」
2. 侯藹玲，張馨文，碩士，97，「利用微陣列資料探討阿滋海默症相關基因之表現關聯性」
3. 侯藹玲，許淳淇，碩士，98，「水稻第五條染色體中節重複序列分析」
4. 侯藹玲，康家睿，碩士，98，「巴金森氏症之基因表現判別分析」
5. 侯藹玲，秦浩剛，碩士，98，「以微陣列資料探討水稻品種間基因表現差異」
6. 侯藹玲，林聖堯，碩士，98，「以微陣列資料探討阿拉伯芥LEA基因表現關聯性」
7. 侯藹玲，張嘉慶，碩士，99，「水稻SAGE及MPSS資料統計分析」
8. 侯藹玲，簡正育，碩士，99，「以微陣列資料探勘台灣兩水稻品種間的單一特性多型性 (SFP)」
9. 謝邦昌、侯藹玲，沈柏志，碩士，97，「由資料採礦技術探討微陣列資料篩選乳癌相關基因」
10. 謝邦昌、蘇志雄、侯藹玲，朱國豪，碩士，97，「資料採礦應用於乳癌患者之遺傳基因與生活因素探討」
11. 謝邦昌、侯藹玲，許晏賓，碩士，97，「資料採礦技術應用於微陣列資料分析以篩選阿茲海默症候選基因之研究」
12. 謝邦昌、侯藹玲，徐遠宥，碩士，99，「資料採礦技術應用於微陣列資料分析以篩選乳癌」
13. 侯藹玲、謝邦昌，陳佳怡，碩士，102，「利用資料採礦技術於巴金森氏症之微陣列基因篩選」
14. 侯藹玲、謝邦昌，蔡依樺，碩士，101，「由資料採礦技術 探討微陣列資料於結腸癌之基因篩選」
15. 侯藹玲、謝邦昌，紀懿芳，碩士，101，「料採礦技術應用於肺癌患者之基因篩選及生活因素探討」
16. 侯藹玲，朱子豪，碩士，103，「由水稻NGS資料探討SNP分布」

獲獎紀錄

1. 侯藹玲，97學年度，輔仁大學研究發展處，投稿國際期刊學術論文獎勵
2. 侯藹玲，99學年度，輔仁大學研究發展處，投稿指標性期刊學術論文獎勵
3. 侯藹玲，101學年度，輔仁大學研究發展處，指標性期刊獎勵
4. 侯藹玲，102學年度，輔仁大學研究發展處，指標性期刊獎勵
5. 侯藹玲，101學年度，輔仁大學研究發展處，指標性期刊獎勵

演講

1. 侯藹玲，分子親源樹的建構，中央研究院人文館遠距會議室，中央研究院生科學圖書館，2011-08-16
2. 侯藹玲，BLAST 簡介，疾病管制局 昆陽辦公室，疾病管制局 昆陽辦公室，2003-04-23
3. 侯藹玲，分子親緣樹建構，國立台灣師範大學 生命科學系，國立台灣師範大學 生命科學系，2005-06-01
4. 侯藹玲，水稻基因體計畫，輔仁大學 生命科學系，輔仁大學 生命科學系，2005-06-08
5. 侯藹玲，水稻重複序列與轉位子，農業試驗所 農藝系，農業試驗所 農藝系，2005-05-23
6. 侯藹玲，分子親緣樹建構，中央研究院 生命科學圖書館，中央研究院 生命科學圖書館，2005-10-27
7. 侯藹玲，分子親緣樹建構，國立台灣師範大學 生命科學系，國立台灣師範大學 生命科學系，2006-06-06
8. 侯藹玲，分子親源樹建構，中央研究院 生命科學圖書館，中央研究院 生命科學圖書館，2006-10-31
9. 侯藹玲，BLAST 簡介，輔仁大學 生命科學系，輔仁大學 生命科學系，2007-05-11
10. 侯藹玲，分子親緣樹建構，中央研究院 生命科學圖書館，中央研究院 生命科學圖書館，2007-11-07
11. 侯藹玲，BLAST的統計推論，中央研究院 生命科學圖書館，中央研究院 生命科學圖書館，2008-04-03
12. 侯藹玲，R在生物資訊上的應用-Phylogeny Inference，國立台灣大學生物產業自動化教學及研究中心電腦教室，國立台灣大學生技中心，2009-08-26
13. 侯藹玲，分子親源樹的建構(Reconstruction of Molecular Phylogeny)，中央研究院生命科學圖書館，中央研究院生命科學圖書館，2009-08-06
14. 侯藹玲，Digital Gene Expression of Rice ，中央研究院統計科學研究所，中央研究院統計科學研究所，2009-09-28
15. 侯藹玲，以微陣列資料進行疾病相關基因之判別分析，中國醫藥大學生物統計中心，中國醫藥大學生物統計中心，2010-10-27
16. 侯藹玲，分子親源樹的建構，中央研究院人文館遠距會議室，中央研究院生命科學圖書館，2010-08-10
17. 侯藹玲，分子親源樹的建構(Reconstruction of Molecular Phylogeny) ，中央研究院生命科學圖書館，中央研究院生命科學圖書館，2008-07-15
18. 侯藹玲，水稻品種基因表現差異分析 ，海洋大學生命科學系，海洋大學生命科學系，2008-12-10
19. 侯藹玲，植物基因體圖譜分析技術，國立屏東科技大學生物科技研究所，國立屏東科技大學生物科技研究所，2009-07-08