本系所以培育具有理論基礎、實驗操作技術、與解決問題能力之生物科技專業人才為宗旨，並依此宗旨，設立目標及各項具體做法。
教育宗旨
提供生命科學相關科目的學習與實驗訓練，培育具有理論基礎、實驗操作技術、與解決問題能力之生物科技專業人才。
系所教育目標
一、規劃完善的課程內容，使學生具有生命科學專業知識及解決問題的科學方法與精神。
二、建立優良的學生實驗及研究環境，使學生具有生命科學相關之實驗技術及研究分析能力。
三、營造良好的師生互動及輔導環境，以協助學生克服學習困難，並輔導學生進行生涯規劃。
系所目標之第一句為「實體目標」，而後面則為「成效目標」，本系有各項具體做法以達成「實體目標」，而藉由本校之教學評量系統、導師訪談、及畢業生反應等各項措施，以了解是否達成「成效目標」。
碩士班教育目標
1. 培育研究生具備思考問題、分析解決及獨立研究所需之科學方法與能力。
2. 培育研究生具備論文撰寫與宣讀答辯之能力。
3. 培育研究生具備團隊合作研究之能力。
4. 培育研究生具備專業職涯之自我規劃能力。