ExPASy資料庫簡介-蛋白質序列分析與預測(3)
口述：呂平江 老師
整理：林崇文、鄭詩思、李佩真
在要進行protein的比對之前，可以利用ScanProsite先進行一些相關的比對，找出一些可能的modification site。利用2003/05/01公佈在NCBI上的SARS coronavirus Hong Kong/03/2003 RNA-directed RNA polymerase gene來做試驗。
若是要進一步了解各partten的特性，可以點選在java
applet圖中的白色區域，會秀出較詳細的資訊。例如：87-90
Asparagine glycosylation的區域→
利用電腦來模擬用restriction
enzyme作用在peptide下的結果。例如：以SARS
coronavirus Hong Kong/03/2003 RNA-directed RNA polymerase gene做為例子---
做MotifScan，從輸入的序列和在database中已知的motif做比對
用前面所使用的SARS序列來做例子
在只有勾選prosite profiles和prosite pattern兩個時，出現的結果是no match。
在加上勾選Pfam及Prosite patterns that match very frequently (low specificity!)後，得到和ScanProsite及Prosite scan相同的結果。
若是在MotifScan頁面中勾選「Display matches in SEView」，則會出現：
它利用Java applet的技術，來表示輸入序列中的motif部分。
用“NNPredict”來測試蛋白質的二級結構
結果一：在Tertiary structure class的選項，選擇「none」
圖中的H是代表helix；E是代表strand；-則是沒有預測。預測出來的值是指在這段序列中，有哪些amino acid會是出現在helix，哪些會是出現在strand。
結果二：在Tertiary structure class的選項，選擇「all-alpha」
可以明顯看到它就只有顯示出helix的部分
結果三：在Tertiary structure class的選項，選擇「all-beta」
和結果二不同的是，它只顯示出strand的部分
結果四：在Tertiary structure class的選項中，選擇「alpha/beta」
下面再用另一種工具來做蛋白質二級結構的預測--------Jpred
Raw protein sequence
MSF format
現在以先前用的序列做為範例來測試
它會出現這些選項，可以選擇想以怎樣的型式來觀看所得到的結果。
第一個選項是以瀏灠器外掛Jalview來觀看；第二個則是把結果下載到電腦，用電腦中安裝的Jalview觀看；第三個是直接用Html型式看所得到的結果、…，其中，第七個選項是Unix作業系統所使用的壓縮格式。在這裡採第一個來顯示，直接按視窗中的「JalView」按鈕，電腦會另外出現一個Jalview的視窗。
在這視窗內，有多種的應用選項可以使用，例如把「Helix propensity」用顏色表現出來。
依照想看出怎樣的結果，來設定它所顯現的內容。
此外，若是用Html的選項來看結果，則會得到下面的網頁：
它和Jalview不同的是，沒有多種的屬性可以應用在顯示出不同的特性值。
在網頁的下半部有指出上半部的一些名詞所分別代表的意思。
PSIpred------蛋白質二級結構的預測
這是以先前SARS序列所做的結果，點選最後的連結可以進到下面的畫面。
可以點選PostScript File；PDF File；JPEG Page 1，用這些來看所得到測試的結果。在這裡以JPEG為例。
其中綠色圓柱狀是表示helix，黃色箭頭是表示strand，黑色直線是coil的部分。以這樣的模式來顯現出測試模擬的結構。