ExPASy資料庫簡介-蛋白質序列分析與預測(2)

口述：呂平江 老師

整理：林崇文、鄭詩思、李佩真

Translate

3.選擇Translate

4.貼上欲查詢之基因序列

5.選擇TRANSLATE SEQOENCE

6.得到六個Frame

7.選擇其中一個作為蛋白質氨基酸之序列（通常挑Stop codon愈少者）

8.選擇5’3’Frame2之結果

BLAST

1.      連結到http://tw.expasy.org/tools

2.      在Similarity searches中選擇BLAST

Q D A V A S K I L G L P T Q T V D S S Q G S E Y D Y V I F T Q T T E T A H S C N V N R F N V A I T R A K I G I L C I M S D R D L Y D K L Q F T S L E I P R R N V A T L Q A E N V T G L F K D C S K I I T G L H P T Q A P T H L S V D I K F K T E G L C V D I P G I P K D M T Y R R L I S M M G F K M N Y Q V N G Y P N M F I T R E E A I R H V R A W I G F D V E G C H A T R D A V G T N L P L Q L G F S T G V N L V A V P T G Y V D T E N N L

3.      貼上PROTEIN sequence

4.      按Run BLAST

5.      比對成果如下

6.      依據Score及E-value之結果，選擇其一繼續比對，此以P59641為例

（通常是Score愈高而E-value愈低）

7.      以下為P59641之查詢結果

Primary structure（蛋白質的基本特性）

(一)ProtParam

1.      首先連結到http://tw.expasy.org/tools

2.      在Primary structure選擇ProtParam

3.      貼上欲查詢之氨基酸序列之後按下Computer parameters

4.可得到此序列之pI值及Mw等資料

(二)MW，pI，Titration curve

1. 在Primary structure選擇MW，pI，Titration curve

2. 貼上欲查詢之氨基酸序列之後按下Sournettre

(三)ProtScale

1. 在Primary structure選擇ProtScale

2. 貼上欲查詢之氨基酸序列

3.選擇amino acid scale

4.按下Submit

5.結果如下

TagIdent

1.      首先連結到http://tw.expasy.org/tools

2.      在Protein identification and characterization選擇TagIdent

3.      在下工具填上pI ＆ Mw

4.      並按下Start TagIdent

5.      在Database Swiss-Prot中查詢到兩筆資料

6.      選擇VNS3_CVPFS繼續查詢

7.結果如下

補充說明（以window size為例）

1.      首先連結到http://tw.expasy.org/tools

2.      選擇Search ExPASy

3.填上window size按Enter開始查詢

4.查詢結果中選擇第一個（用紅色圈起處）

5.將可看到Window size及Weight的補充說明